SOAP,全称短寡聚核苷酸分析包,已经从一个单一的比对工具进化成为下一代测序数据提供数据分析的软件包,包括:

 

        SOAPaligner/soap2

        SOAPsplice

        SOAPsnp

        SOAPindel

        SOAPsv

       SOAPdenovo

       SOAP3/GPU

 

    下面对各软件进行简要介绍:

 

    1.  SOAPaligner/soap2 是一个较快且高效比对程序,用于将短核苷酸比对至参考序列上。SOAPaligner/soap2 能够与许多应用兼容,包括单向和双向重测序。


    2.  SOAPsplice 使用 RNA-Seq 序列片段,用于基因组范围内,从头开始检测剪接 junction 位点和鉴定可变剪接事件。


    3. SOAPsnp 是一个准确的一致性序列建造程序,它是基于 soap1 和 SOAPaligner/soap2 的比对输出结果。它计算出每一个一致性碱基的质量的分值,便于后续流程中的 SNP calling。


    4.  SOAPindel 是一个针对重测序技术用来寻找插入和删除的程序。
 

    5.  SOAPsv 是一个用于检测结构差异的扫描程序。

 

    6.  SOAPdenovo,一个短序列片段从头开始组装工具,是一个将短核苷酸组装成为 contig 和 scaffolds 的工具包。
 

    7.  SOAP3 是一个基于 GPU 的软件用于比对短序列片段到参考序列。它能够找出所有容错 k 个不匹配的比对结果,k 的选择范围是从 0 到 3。

    网页链接:http://soap.genomics.org.cn/